Creo que depende mucho de la base de datos que estés usando.

Por ejemplo si fuera PostgreSQL creo que no se podría, ya que para leer de la BBDD mientras se está realizando un commit te haría falta una nueva conexión simultánea.

Una posible solución sería, usar un Database Writer en vez de Database Reader, pero antes de iniciar el conector Ejecutar un conector Channel Writer que inicie un canal que contenga la consulta sql que quieras realizar mientras en el canal original, se ejecuta la consulta principal. Para ello, debes desactivar la casilla "Wait for previous destination" en el conector Channel Writer.

Por lo tanto, el procedimiento quedaría tal que así:

Canal 1:
--- Source: indiferente
--- Destinations:
--------- Conector 1: Channel Writer al Canal 2
--------- Conector 2: Database Writer con la SQL principal
------------------------"Wait for previous destination" desmarcado
------------------------(que tenga un proceso largo)

Canal 2
--- Source: Channel Reader
--- Destinations:
--------- Conector 1: Database Writer con la SQL secundaria
-------------------------por ejemplo un bucle wait esperando cierto valor
-------------------------(para comprobar el estado de la SQL principal)

Nuestra base de datos es Informix, hay habría alguna manera aunque fuera en el cuadro de código, escribir el 'set isolation...' por javascript? Por descartar todas las opciones antes de probar esa solución